Референсные гены для изучения процесса дифференциации клеток линии Сасо-2 методом ПЦР-РВ

Автор: Е.В. Трушкин, Д.Г. Максименко, Н.А. Хаустова, И.Н. Нечаев, Н.Г. Лузгина, Д.В. Мальцева, А.Л. Русанов

Страница: 33-41

Референсные гены для изучения процесса дифференциации клеток линии Сасо-2 методом ПЦР-РВ

Биотехнология, 2013, № 1, С. 33-41

УДК 57.04, 57.041, 57.032

Е.В. Трушкин¹, Д.Г. Максименко¹, Н.А. Хаустова¹, И.Н. Нечаев², Н.Г. Лузгина³, Д.В. Мальцева¹, А.Л. Русанов^1,*

1 ООО НТЦ «БиоКлиникум», Москва, 115088

2 ФГБУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии (НИИОПП)» РАМН, Москва, 125315

3 ФГБУ «Научный центр клинической и экспериментальной медицины СО РАМН», Новосибирск, 630117

e-mail: a.rusanov@bioclinicum.com

Трушкин Евгений Владиславович, Максименко Даниил Геннадьевич, Хаустова Надежда Александровна, Нечаев Илья Николаевич, Лузгина Наталья Геннадиевна, Мальцева Диана Васильевна, Русанов Александр Леонидович.

Оценивали изменение экспрессии шестнадцати потенциальных референсных генов (ACTB, GAPDH, GUS, RPLPO, TBP, PSMC4, PUM1, MRPL19, SF3A1, HPRT1, RPS18,UBC, B2M, HSPC3, SDHA, YWHAZ) клеточной линии Caco-2 в недифференцированной и дифференцированной культурах. Стабильность экспрессии определяли с помощью методов оценки Ct и geNorm. Было показано, что экспрессия генов SF3A1, SDHA и TBP более стабильна, чем ACTB и GAPDH, традиционно используемых в качестве референсных генов. Количественная оценка изменения экспрессии характерных для энтероцитов тонкого кишечника генов SI, SLC11A2, MYO1A, ANPEP и PPARG подтвердила, что SF3A1, SDHA и TBP являются более надежными референсными генами. Данное исследование предоставляет методическую основу для детального изучения дифференциации клеток Саcо-2 методом ПЦР-РВ.

Ключевые слова: дифференцированные клеточные линии, клеточная линия Caco-2, ПЦР в режиме реального времени, референсные гены, стабильность экспрессии.

Reference Genes for Quantitative RT-PCR Studies on Caco-2 Cell Differentiation

E.V. Trushkin¹, D.G. Maksimenko¹, N.A. Khaustova¹, I.N. Nechaev², N.G. Luzgina³, D.V. Maltseva¹, and A.L. Rusanov^1,*

1 The Research and Technique Center BioClinicum, 115088, Moscow Russia

2 The Institute of General Pathology and Pathophysiology, Russ. Acad. Med. Sci., 125315, Moscow Russia

3 The Research Center for Clinical and Experimental Medicine, Russ. Acad. Med. Sci., Sibirian Branch, 630117, Novosibirsk Russia

e-mail: a.rusanov@bioclinicum.com

Changing of the expression of 16 putative reference genes (ACTB, GAPDH, GUS, RPLPO,TBP, PSMC4, PUM1, MRPL19, SF3A1, HPRT1, RPS18,UBC, B2M, HSPC3, SDHA, YWHAZ) in a Caco-2 cell line before and after differentiation has been assessed. The expression stability was determined using two methods, Ct and geNorm. It was shown that SF3A1, SDHA and TBP genes are expressed more constantly than ACTB and GAPDH that conventionally serve as reference. A quantitative assessment of the changing in SI, SLC11A2, MYO1A, ANPEP and PPARG gene expression (characteristic genes of small gut) confirmed that SF3A1, SDHA and TBP are more reliable as reference genes. The present investigation can provide a methodical basis for the study in detail of the Caco-2 cell differentiation by RT-PCR.

Key words: Caco-2 cell line, differentiated cell lines, expression stability, real-time PCR, reference genes.

17.04.2013, 5668 просмотров.